Fundada em 17 de abril de 1936 pelo missionário norte-americano M.G.White, funcionava na Avenida Joana Angélica, em seguida passando a ocupar a sala de aula da Escola Kate White, no Campo Grande.

A igreja passou por muitas dificuldades até a construção do santuário atual. O primeiro foi inaugurado em 05 de março de 1949 e o segundo, em 12 de dezembro de 1959. Mais tarde surgiu a necessidade de um ambiente maior, devido ao crescimento da procura pela população.

Para a construção do atual templo foi necessária a venda da casa onde funcionavam suas instalações, passando a igreja a funcionar nas dependências do Colégio Dois de Julho até o término da construção propriedade atual. Tudo isso aconteceu sob a presidência do pastor Valdívio de Oliveira Coelho, já falecido.

Durante seu pastorado, foram organizadas frentes missionárias que construíram igrejas em diversos bairros de Salvador e em cidades do interior baiano, como Paulo Afonso, Santo Amaro, Arauaris e Boa Vista; criou-se a Congregação da Penitenciária do Estado e muitos presidiários foram afastados do mundo do crime, tendo suas vidas restauradas pela Palavra de Deus; foi fundado o Hospital Evangélico de Salvador, fruto de um sonho do Pr. Valdívio, e diversas obras assistenciais foram desenvolvidas, realizados por Valdívio Coelho, homem cuja vida era integralmente dedicada ao trabalho do Senhor.

Em 1988 o Pr. Walter dos Santos Batista tornou-se pastor efetivo de Sião. O carisma e as belas pregações são suas características marcantes e seu ministério tem dado muitos frutos ao longo desses vinte anos.

O trabalho desenvolvido por ele e pela esposa Ariete, seu braço direito na liderança da igreja, tem alcançado e influenciado muitas pessoas, o que evidencia a mão de Deus guiando a vida desse casal tão abençoado (depoimento do pastor sobre como chegou em Sião).

Durante esses vinte anos de pastorado, o Pr. Walter tem buscado cada vez mais aperfeiçoar o trabalho dos ministérios e atender às necessidades de suas ovelhas, sempre preocupado em fazer de Sião uma igreja "moderna, mas sem perder a tradição".

A Igreja Batista Sião, no Campo Grande, centro de Salvador, é uma das mais tradicionais igrejas do segmento evangélico batista. Ao passar pela Praça Dois de Julho, é impossível não notar o templo: uma construção de grande porte localizada ao lado do Teatro Castro Alves. Após um lance de escadas, o visitante encontra o santuário, com capacidade para aproximadamente 2.600 pessoas. Um ambiente bem arejado, com decoração simples, porém harmoniosa. Os vidros das janelas laterais têm cores vivas; já os tons usados nas paredes e portas são o marrom escuro contrastando com o claro. Do lado direito, ficam 45 salas distribuídas por um largo corredor, onde funcionam a escola, o bazar, a sala de reunião, cantina, sala do pastor e outros departamentos.